麦积山自十六国后秦开窟到明清的一千六百余年间，石窟保护主要由住寺的僧人负责进行，同时也有大量民间的善男信女自发进行和地方官吏参与保护、维修。对石窟的保护维修工作代代相续至今。北魏文成帝复法后，不但修复了毁坏的塑像，而且掀起了前所未有的开窟造像热潮。北周时期，大兴崖阁，造像蔚然成风，即使在周武灭佛之时，由于地方官吏的庇护，使麦积山大批北周造像得以保留；宋代是大规模重修时期，重修塑像达400余身，也可以说是对前代文物的保护与维修。到了明清，塑像、壁画多妆銮，并修缮了瑞应寺。
　　 四十年代初，当地学者冯国瑞首次考察麦积山，呼吁政府保护和维修石窟，并提出石窟保护管理方案，同时负责修复了东崖卧佛洞到牛儿堂的栈道。并于1947年成立麦积山修建保管委员会。
　　 对石窟的全面维修和科学保护是在解放后，五十年代初期，人民政府接管了石窟，修复了全部的栈道；成立了麦积山文物保管所，清理了窟龛内的鸟粪垃圾，加固了濒危塑像。六十年代，架通了所有未通栈道和翻修了已通栈道，清理洞窟内积存的鸟粪、垃圾，安装300个多个洞窗铁纱窗，使鸟雀虫鼠不再入内为患；搭设70米长的防雨遮檐，使崖面雨水不再浸蚀洞窟。对濒危的塑像、壁画、碑刻采取加固措施，保证文物安全，对濒临坍塌的瑞应寺院进行清理和修缮。七十年代中期，由国务院投资三百五十万，试验采用喷、锚、粘、托技术对山体进行了为期八年的加固维修工程，有效地保护了洞窟文物，将原木栈道全部更换成钢筋水泥栈道，有效地保护了洞窟文物。   
  　　 麦积山石窟保护工作进入比较全面、系统正规、科学的管理是在八十年代初，中期加固工程全面结束，正式对外开放之时，也是由文物保管所上升至石窟艺术研究所，这时全所工作重点转移到文物保护和研究工作上来，但仍以文物保护为重中之重，为确保文物的安全，设立文物保护研究室，由专职人员看管洞窟,从事文物保护管理；保卫科成立警卫队，有警卫人员十人担负文物保卫工作，石窟东门，中门西门和文物库房都有值班室，由警卫人员并配以警犬昼夜值班守卫。在重点洞窟安装了防盗门和玻璃防护屏风。同时安装报警器和电视监控系统。对文物实行24时临控，确保文物安全。在湿度较大的133号窟和127号窟各置一台去湿机，雨季启动，使窟内湿度明显下降，并每天观测温湿度，记录档案。
　　 防渗水工程是在进入二十一世纪文物保护工作的又一大举措，由国管科学技术委员会立项拨专款，万，铁道第一勘测设计院承担的麦积山石窟渗水治理试验研究已取得初步成果，即将付诸实施。

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